La historia de las Islas de la Bahía ha creado un antepasado cultural tan rico y variado como su perfil físico. Por lo menos nueve grupos culturales han ocupado las Islas. Numerosos artefactos precolombinos dejados por los indios Paya, un grupo emparentado con los mayas, han sido recuperados de más de 50 sitios a través de las Islas. Los arqueólogos han investigado sitios residenciales, ceremoniales y de entierros; marcados respectivamente con middens de cocina, monolitos de piedras y pedazos de huesos y urnas. Entierros múltiples resultaron en un número de cráneos en una sola urna.

Los Isleños frecuentemente encuentran “yaba-ding-dings” de los Payas, el nombre local para pedazos y figuras de cerámica de estos residentes antiguos. Se han acumulado varias cuentas y campanas de cobre hechas a mano así como ornamentos de jade en varias Islas. El jade era importante para los rituales en las Islas y en el continente. Las cuentas de jade ilustradas aquí fueron encontradas en una olla cerámica depositada en Roatán. El Museo de Roatán en Anthony’s Key Resort exhibe una variedad espectacular de artefactos, muchos de ellos encontrados por residentes durante el proceso de construir sus casas o al caminar en el bosque.
Cuando Colón llegó por primera vez a las Islas de la Bahía en su cuarto viaje al Nuevo Mundo entre 1502 y 1504, el se encontró con los indios Paya. Los historiadores creen que llegó a la Bahía que se encuentra al norte de la playa. El soldado en el lado oeste de Guanaja, en la actualidad conmemorado con un pequeño monumento. Cerca de aquí, su tripulación capturó una canoa cargada de “pequeños cuchillos, hachas de cobre, espadas con dientes de obsidiana, campanas de cobre, contenedores para fundir metal, ropa de algodón teñido, cerámica, cerveza de maíz y semillas de cacao que utilizaban como dinero.